Вінницька філія
Директором філії є кандидат економічних наук Малярчук Анатолій Климович. Філію створено у 2002 році. Навчальний процес забезпечують висококваліфіковані педагоги. До послуг студентів сучасний комп'ютерний клас, бібліотека з книжковим фондом понад 12 тисяч примірників, в основному це сучасні методичні й наукові розробки з економічних дисциплін і права.
Житомирська філія
Житомирська філія бере свій початок від Житомирського факультету Академії ДПС України. Підготовку фахівців у філії забезпечують висококваліфіковані науково-педагогічні працівники. Навчальні заняття проходять у сучасних аудиторіях та комп'ютерних лабораторіях , які обладнані технічними засобами навчання та мультимедійними проекторами. Навчально-виховний процес забезпечує бібліотека філії, загальний фонд якої становить понад 10 тисяц примірників. Зараз директор філії - Стужук Володимир Григорович
Кам'янець-Подільська філія
Директор філії - Савчук Анатолій Миколайович. Філія заснована у вересні 2003 року. За період свого існування філія випустила більше 1000 бакалаврів та спеціалістів. Навчальні аудиторії філії обладнані сучасними комп'ютерами та мультимедійними засобами. Адміністрація Кам'янець-Подільської філії Національного університету ДПС України працює над тим, щоб у перспективі на базі філії розгорнути податковий інститут Національного університету.
Старожинецька філія
Філія бере свій початок від Сторожинецького відділення Українського фінансово-економічного інституту, що стала першим відокремленим підрозділом вищого навчального закладу. У травні 2006 року факультет перейменовано у Старожинецьку філію Національного університету ДПС України. За період функціонування відокремленого підрозділу університету у Буковинському краї м. Сторожинці підготовлено більше 1000 фахівців з вищою освітою. Успішному наданню освітянських послуг та підготовці висококваліфікованих спеціалістів сприяє створена матеріально-технічна база. Власний корпус, лекційні аудиторії, комп'ютерний клас обладнані за європейськими стандартами. До послуг студентів бібліотека з книжковим фондом фахової літератури. Директор - Стужук Володимир Григорович